以下の2点の可能性がございますので、ご確認ください。
.htaccess の記述/書式/コードに誤りがある
→ 文字の誤入力 → FTP でアップロードする際に転送モードをアスキーモードで転送している
CGIプログラムが正常に動作していない / 設定に誤りがある
→ CGI のパーミッションは 700 か 755 にご変更ください。